函館大学は、「北海道道南の学術の中心として広く知識を授けると共に、商業および経済に関する高度の学芸を教授し、北海道開発及び産業の興隆並びに文化の発展に役立つ専門的な職業教育を施すことを目的として、
知・情・意の高度にして円滑な人格の持主としての職業人を養成すること（学則第1条）」を使命としています。

函館大学は、
40年以上にわたる商学教育を発展させ、特色を際立たせた独創性ある教育をさらに発展させるために、
英語国際ビジネス学科、商学科の2学科制にするとともに、
教職過程については教職教育センターを設けて一元化しました。

さらに平成18年度には入学から卒業まで一貫したキャリアデザインや就職相談・指導を行うキャリア開発センター
を開設しました。

また放送大学と単位互換協定を締結、函館大学内に放送大学函館学習室が開設されました。